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收集到關都八個道館徽章的小智與他的同伴，某日，和海盜風格的訓練家(台譯：美國男)戰鬥完後，忽然收到快龍送來的信，內容說是要邀請他們和「全世界最強的訓練家」會面，地點是新島的神奇寶貝城，他們就毫不遲疑的前往。然而這其實是被人類以複製方式所創造出的神奇寶貝—超夢為了報復，所設下的陷阱。而這時，在亞馬遜叢林的深處，夢幻也感受到超夢的存在而甦醒，一場「本尊」和「分身」間的戰爭即將展開.....。...

幕府末年曾有一群以彰義隊為名而起義維新的志士想趁著薩摩、長州兩組勢力商議結合之際加以破壞，改變日本政治的走向。誰知彰義隊當年在「時雨瀧魅」的判斷錯誤下，造成眾多兄弟與好友高槻嚴達喪生，時雨心中一直無法忘卻這種罪惡感，又眼見明治政府的腐敗，決心再度起義，殊不知此舉完全中了某些陰謀人士的圈套。過去人稱人斬拔刀齋的「緋村劍心」便出面加以阻止，在比劃過劍法之後，時雨得知當年殺了好友嚴達的就是劍心，更加無法容忍，卻不知這種起義行為不但不能讓百姓安定，反而帶來更多的殺戮與流血事件。...

寶可夢廣場是爲寶可夢而準備的遊戲場所。皮卡丘、波克比、傑尼龜，還有一些大家熟悉的寶可夢們，都在那裏快樂遊玩。但，皮卡丘與傑尼龜等同伴因爲小事跟別的寶可夢吵起來，吵醒了在睡覺的波克比，也引起了一場意外.........

一個人類與動物都可以自在生活的動物村裡，搬來了一名尋找「夢」的人類女孩－愛。她漸漸認識到動物村的各個居民，並一起尋找「夢」的答案… 有一天，愛在海邊撿到一瓶漂流瓶，上面寫著「種植針葉樹，在雪祭的夜晚將會發生奇蹟（針葉樹を植えよ 雪祭りの夜に奇跡は起きる）」…...

《幻影神奇宝贝的主谋》又名《幻影神奇宝贝的战栗》，英文全称是The Mastermind of Mirage Pokémon，是美国第一个神奇宝贝动画的特别篇，首次在2006年4月29日在Kids'WB电视台上映。是该片为庆祝宠物小精灵10周年所做，由美国WB(warner brother)华纳兄弟电影公司制作发行，目前有英语和日语两个版本。 超世代時期的某天，小智收到藍頭髮的楊格(Yung)博士的研究城堡邀請函。原來這位博士致力研究基因，研發了神奇寶貝幻影系統，可以將已絕種的神奇寶貝給實像投...

曾經很珍惜的寶物現在…都到哪裡去了呢？小遙是個平凡的女高中生，年幼喪母的她某一天突然回想起兒時母親所送她的手鏡，但是曾經那麼珍惜的東西現在卻不知道在哪裡了，就在這時，她想起母親曾說過的那個會拿走人類拋棄不要的東西的傳說故事。她回到了兒時最常去的那間神社祈求狐仙大人能夠歸還她重要的手鏡，就在此時，她竟然看見了一隻神奇的小狐狸正在撿拾被人丟棄的橡皮筋飛機，她決定偷偷跟蹤那隻狐狸…...

小智一行人在大樹下打盹時，頑皮的波克比卻沒有和大夥一起入睡而跑出去玩耍，為了尋找走失的波克比，皮卡丘和所有的寶可夢們一起來到一個巨大的樹林叢中，在裡面遇見了電擊怪，還認識了一大堆的新朋友，波克比好像和一群蛋蛋玩的不亦樂乎，就在大家玩得很快樂的時候，突如其來的暴風雨，卻讓大夥陷入困境，寶可夢們要如何度過呢？...

小智一行人來到一座大城市，並把皮卡丘留在市中心的一個高樓空中花園玩，約定傍晚來迎接。此時皮卡丘不經意地朝旁邊的大樓望過去，看到了一對可愛的皮丘兄弟。皮丘兄是頭上有一撮毛的沈穩派，但相較之下皮丘弟卻喜歡惡作劇。皮丘弟不聽老哥的勸阻而亂跑，突然間就從樓上掉下去了！皮卡丘趕緊飛奔過去，可是往下面一看才發現所站的地方太高了，一不小心掉下去的話可就完了！沒想到就在此時居然有一群黑暗鴉攻擊皮卡丘… 之後在經歷被戴魯比追趕、把輪胎祕密基地搞壞並重建的過程中，時間一分一秒的流逝。眼看傍晚就要到了，皮卡丘能即時...

故事延續靈魂人物剎那·F·塞耶上回與變革者首腦－里朋斯·阿爾馬克最終決戰結束後，過了兩年，也就是西元2314年，地球上空突然出現一艘沒有生命反應的木星探查船…。原來，這是一艘遠在130年前已製就太陽爐的探查船。 正當大家對它卸下設防，誰知，突然冒出未知物體，也就是ELS（Extraterrestrial Livingmetal Shapeshifter）。它企圖強行佔領地球…，更可怕的是，毀滅人類，更是它欲同步進行的殘忍行動。 眼看情況危及，剎那立刻偕同天上人成員，和地球聯邦軍組成保衛地球的...

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在海邊有一棟大宅邸，皮卡丘們就在那裡玩起了「捉迷藏」。決定好由皮卡丘當鬼後，大家都躲好了嗎？這時候，由基拉因為自己一個人很無聊，踢飛了一顆大石頭。可是石頭卻擊中了割草機，讓割草機動了起來。割草機就追著皮卡丘們大暴走！真是不妙了！...

世間人多如天上之星，邂逅亦多如天上之星，緊接著的……是離別　　刺耳的警報聲驟然響起，通過無線電傳入每個人的耳中。八號殖民地“白雪公主”正遭到突如其來的襲擊，防禦力量正被迅速瓦解。與此同時，“白雪公主”內部突然出現幾個頭帶斗笠象僧侶一樣的人開始追殺研究員……當入侵的機器人突入“白雪公主”的時候，裡面已經血流成河。那些僧侶們留下一句“你來遲了一步，復仇者，你還未夠道行啊”，就神秘的消失了。...

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